某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
故事发生在名为樱新小镇之中，在这里，人类和妖怪在和平的表象之下共同生活着。然而，盛开的樱花带来的是危机的预兆，越来越多的妖怪出现在这里，人类和妖怪的世界也开始产生融合。为了应对这场危机，“比泉生活协商事务所”的成员们挺身而出。 开朗乐观，充满了正义感的枪樱姬（福圆美里 配音）、稳重可靠，个性温和的比泉秋名（梶裕贵 配音）、单纯可爱，乖巧懂事的七海蓝（藤田咲 配音）、好爽大方，能够使用言灵的五十音言叶（泽城美雪 饰），在伙伴们的帮助和扶持之下，他们需要面对的不仅仅是接连出现的突发状况，还有隐藏在小镇之中，复杂而又纠葛的权利纷争。