2014年，讨厌机械的高中生·夏目亮为了改变自己而迈出了那一步。然而，他却死于卡车之下——。然后2030年的东京港湾，潜入了未知兵器“EX-ARM”的交易现场的警察·上园美波与人造人·阿尔玛这一搭档遭到了装备着“EX-ARM”No.08的敌人的袭击。她们为了打破这一绝境，强制启动了从敌人手中夺走的“EX-ARM”No.00……
供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男
以军火商人的独特视角描述了一名少年佣兵在一名年轻女性所领导的军火贩卖集团中的日常生活、和他的所见所闻。另外，展现了许多真实存在的武器资料，有时会加入现实世界的国际关系，是它的特色之一。
统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。
E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……
革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国13的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。 历经战火的洗礼，他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望，前路迷茫……
统一历1923年6月。金发碧眼的幼女，谭雅·提古雷查夫，正作为部队勤务的一环而在北方军管区诺登战区第三巡逻线进行帝国军士官学校最终课程的研修。作为航空魔导师向着光辉履历踏出第一步的研修，平安无事地结束——本该如此。但事态却向着超出预料的方向转变。以协约联合的越境侵犯为契机，帝国与协约联合进入战争状态。随着转移至战时体制，谭雅被交付了观测任务，但协约联合军发动奇袭，谭雅陷入不得不与敌军魔导师中队单独交战的事态。敌众我寡，就连在我军抵达之前牵制敌军都无法做到，但逃跑的话则难免敌前逃亡的死罪，她面临这种绝望的状况。为了无论如何存活下去，并在面对高层时做到最好的应对，谭雅使用了某个战略……。“那是，披着幼女皮的怪物——。”
统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。