日本战国时代随着德川家一统天下而落下帷幕。在战国乱世发挥了巨大作用的忍者集团，由于其潜在的威胁而遭到幕府的封杀。当是时，长野藩大旱连年，饿殍遍野，处于贫困破败的时刻。在之前的联络杳无音讯的情况下，长野藩的公主幸姬（森川葵 饰）只得亲自上路前往江户。公主一行经过某座大山，传言山中有某种可怕的妖怪，因此村民极力劝阻公主远离此山。然而本藩危难迫在眉睫，藩主又突然离世，公主一行只能铤而走险。他们入山没过多久，便遭到可怕怪物的袭击。关键时刻，随行的忍者传藏（藤冈靛 饰）搭救公主。 危难的旅程就此开始，柔弱公主最终能否抵达江户？而逡巡在他们身边的怪物究竟是什么？
由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。 另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！
由海法纪光原作、千叶サドル作画的漫画《学园孤岛》宣布了真人电影化的决定。