失去了心爱的女人，波恩（马特•戴蒙 饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。 但是波恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“寻找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，杰森•伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。 随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。
日本室町时代中叶，当权的幕府威信锐减。野心勃勃的醍醐景光（中井贵一饰），为了成就霸业，而将尚未出生的儿子百鬼丸献祭给48个魔神，他和妖怪定下约定，取走了包括眼、耳、口、鼻等在内的48个器官。 一出生就缺少器官部位的百鬼丸，被抛入河中，后来为医生养父（原田芳雄饰）所救，替他制作了义眼、义肢等补足了身上缺失，并命名为百鬼丸（妻夫木聪饰），抚养他长大。为了摆脱自己被诅咒的命运，夺回身体的每一个部分，百鬼丸向占有自己器官的48个魔神宣战，离家踏上征战之旅。 在寻找魔神的旅途上，百鬼丸遇到了自称“侠盗”的多罗罗（柴崎幸饰），为了得到百鬼丸手中的宝剑，多罗罗跟随他一起踏上旅程。
故事发生在一个历史悠久的古老王国之中，邪恶的魔鬼巫师加里安（雷·利奥塔 Ray Liotta 饰）盯上了这片宁静祥和的土地，带领着他的爪牙，他们血洗了村庄，杀害了农夫戴蒙（杰森·斯坦森 Jason Statham 饰）的孩子，并且夺走了他的妻子索拉纳（克莱尔·弗兰妮 Claire Forlani 饰）。 愤怒和绝望之中，戴蒙决心报仇并且夺回妻子。在国王康雷德（伯特·雷诺兹 Burt Reynolds 饰）和善良法师莫瑞科（约翰·里斯-戴维斯 John Rhys-Davies 饰）的帮助之下，戴蒙集结了一支精明强干的敢死队，然而，他们所要面对的敌人却并不仅仅是嗜血残暴的野兽兵团这么简单，众人需要抵抗的，是更邪恶的，更黑暗的，更强大的黑暗魔法。